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中國科協決策咨詢委員會主任齊讓曾表示，過多的經費分配口袋，使從項目的申報、評審到驗收花費大量的精力，以基礎研究為例，就有科技部、中科院、自然基金委、教育部、地方等多個“口袋”。科研經費口袋過多，導致重復立項、設備重復購置現象頻發。
跑項目不應比研究更重要 有學者直言，一些科研人員為了獲得大量的項目經費，認為“與有權勢的官員以及他們鐘愛的少數強勢科學家拉關系，比做好研究更重要”。這種靠“跑關系”、“主抓人脈”爭取項目的現象，偏離了科學研究的本質與科研立項的初衷，致使科研經費申請與審批過程呈現“優不勝，劣不汰”的壞局面。 雖然說，沒有錢搞不了科研，但如果掉進錢眼里也搞不好科研。曾經，段振豪事件打開的有關科研經
費使用和管理的漏洞至今難以閉合;曾經，浙大教授被控侵吞千萬元科研經費的消息，讓一位在美華人科學家感慨的科學家“真是好當”。
中國工程院院士李國杰曾表示，完善科研經費的投入分配機制，與增加科研經費投入量同等重要。因此，實現“創新型國家”的建設目標，真正讓創新驅動經濟發展、國富民強，必須完善我國科研經費分配體系，避免萬億元科研經費淪為“碩鼠的圍城”。
完善科研經費分配，需要增加基礎研究投入，逐步彌補歷史欠賬。加大對基礎研究的持續性投入，將國家發展引入到擁有核心科學技術、擁有核心原創能力層面上來;制每年增加基礎研究投入比例的目標，逐步實現到2018年基礎研究經費比例達到10%;繼續支持中科院開展知識創新試點工程、國家重點基礎研究發展計劃等研究項目，結合基礎研究的長期性、積累性和結果的難以預見性等特點，優化投入結構
